执行理事会(EB)是CDM项目的主要管理机构。其主要职责包括定义基线方法和监测计划、推荐和任命理事机构、定义小规模CDM项目的简化规则以及发放CER。
根据《京都议定书》第12条,执行理事会(EB)负责监督CDM的实施,并向成员国大会负责。执行理事会由十名专家组成,其中五名代表联合国五个官方地区(非洲、亚洲、拉丁美洲、加勒比、中东欧和经合组织国家);专家来自以下组织:小岛屿国家。两名来自《议定书》附件一国家的专家,两名来自非附件一国家的专家,决议的通过需要四分之三成员国的同意。 2001年11月,执行理事会(EB)在马拉喀什举行政治谈判期间的第一次会议,标志着清洁发展机制的正式启动。